El CEIMAR dispone, igualmente, de las alianzas estratégicas de destacadas instituciones colaboradoras (universidades de Sevilla, de California, de Ningbo -China- o Siberia -Rusia-, parques y centros tecnológicos y Puertos del Estado, entre otras), así como de agentes sociales y económicos, que incluye a importantes entidades y empresas cuya actividad se encuentra relacionada con el mar, caso de Abengoa, Dragados Offshore, Navantia, los puertos de la Bahía de Cádiz, Algeciras, Málaga y Almería o las confederaciones de empresarios de Andalucía y Cádiz.
El CEIMAR es el único campus de excelencia centrado en el mar que, además de las ciencias e ingenierías relacionadas con el ámbito marino, incluye también las Humanidades y las Ciencias Sociales y Jurídicas. Sus contenidos y acciones inciden sobre cinco grandes áreas: el conocimiento del mar (no puede entenderse el desarrollo de las ciencias básicas sin el mar -física, química, matemáticas, geología, biología, junto con la oceanografía-), el mar como fuente de recursos (se trata de un elemento fundamental para nuestra vida: acuicultura, pesca, sal, recursos energéticos, etc.), las ingenierías y el mar (engloba todas las áreas de conocimiento y las líneas de investigación que desarrollan las diferentes ingenierías: Ingeniería naval y Oceánica e Ingeniería Civil, puertos y costas), la gestión del mar (a través del estudio integrado de áreas litorales) y, por último, el valor cultural del mar (buena parte de nuestra cultura está en el mar, incluyendo nuestro importante patrimonio subacuático).
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